Smith есть 2 хорошие команды: mkvmerge -i "имя файла", а потом mkvextract tracks "имя файла" <id потока>:"файл куда его сохранить" (т.е. у тебя нечто вроде mkvextract tracks "movie.ogm" 2:"audio.ogg")
зы под виндой это тоже работает.
Добавлено спустя 2 минуты 51 секунду: пардон, возможно придётся так:
1. mkvmerge -o "movie.mkv" "movie.ogm"
2. mkvmerge -i "movie.mkv"
3. mkvextract tracks "movie.mkv" 2:"audio.ogg"
Добавлено спустя 55 секунд: вспомнил более простой путь: OGMCleaver