Santana 1. Делать софтсаб (т.е. субтитры оставить отключаемыми) вместо хардсаба (сабы намертво накладываются на видео -> видео необходимо перекодировать, что ухудшает качество).
Если надо просто засунуть сабы в один файл с видео, то можно использовать AviMuxGUI (если в итоге надо avi) или MKVToolnix (для получения .mkv) или MP4Box + GUI (тоже, но .mp4). При этом видеодорожка просто копируется в новый файл, а внедрённые сабы для плеера аналогичны внешним (в т.ч. возможность разного отображения на разных плеерах)
2. При сжатии с настройками аналогичными тем, с которыми имеющееся видео сжимали, надо на 5-10% увеличить битрейт.
ps. Вопрос малость не в той теме ->
https://forum.touki.ru/viewforum.php?f=35